Perbahasan mengenai laporan RCI Batu Puteh turut menyaksikan dua ahli Parlimen kerajaan membantah tindakan jenayah terhadap Dr Mahathir Mohamad.

Beliau turut mempersoalkan beberapa pemimpin PH yang menjadi anggota kanan Kabinet beliau, termasuk isteri Anwar Ibrahim, Dr Wan Azizah Wan Ismail yang menjadi timbalan PM ketika itu.

Rundingan itu dibuat supaya tidak timbul sebarang masalah dalam hubungan dua hala antara kedua-dua negara.

Wan Junaidi berkata keputusan Mahathir itu amat mengecewakan selain mengejutkan panel penemubual.

Menurut Onn Hafiz, kerajaan PH pada masa telah khilaf dengan menarik balik rayuan tuntutan ke atas Batu Puteh.